La notion sera définie dans son usage ontologique, c'est-à-dire concernant la constitution du monde. Elle impose de considérer que le réel est organisé selon une complexité croissante. Dans ce cadre précis, l'émergence désigne la formation d'entités complexes par un degré supérieur d'organisation. Ces entités complexes se différencient de leurs constituants élémentaires par des propriétés spécifiques et se manifestent par des faits observables spécifiques. Par exemple, les propriétés spécifiques des molécules ne viennent pas des atomes, mais de leur liaison et de leur agencement selon une organisation stable ayant une autonomie et une persistance.
Une entité émergente peut être de nature physique, chimique, électronique ou autre, il importe seulement qu'elle soit un composite de divers éléments qui sont liés de manière intégrative entre eux. Par exemple, en biologie, les tissus, par rapport aux cellules qui les composent, sont des entités émergentes. On considère que l'entité « tissu » amène des propriétés nouvelles. Inversement, si on dissocie l'entité en ses éléments constitutifs (les cellules isolées), les propriétés spécifiques disparaissent.
D'une manière générale, on considère que toutes les entités du même degré de complexité forment un « niveau d'organisation ». La partie du monde ainsi désignée a une homogénéité, car elle est formée selon un même mode d'organisation. Par exemple, le niveau moléculaire par rapport au niveau atomique. Le concept d'émergence désigne la formation du niveau considéré, on dit qu'il émerge du niveau précédent.
Si l'on admet ce principe général d'émergence, la question se pose, pour chaque niveau de complexification, de savoir s'il est vraiment nécessaire de l'individualiser. En effet, le but de la connaissance est de trouver le nombre de niveaux utiles pour comprendre le monde, sans en supposer de superflus, ni en éliminer qui soient utiles. Rien n'est fixé en ce domaine qui évolue sans cesse.
La thèse de l'émergence est compatible avec un réductionnisme de méthode modéré (choix d'un niveau plus simple jugé plus pertinent). Il est incompatible avec un réductionnisme ontologique qui prétend que seul le niveau le plus élémentaire existe, comme le voudrait le matérialisme réductionniste.
Pour comprendre le concept d'émergence, il faut remplacer la notion de substance par celle d'organisation. Cela étant, l'émergence est le concept par lequel on explique le passage d'un type d'organisation à un autre de complexité supérieure. Nous dirons qu'un mode d'organisation quelconque émerge du mode immédiatement inférieur en complexité. L'émergence est une façon de désigner et de concevoir le rapport entre les deux.