D’un point de vue formel, l’identité renvoie à une similitude absolue (notée, par exemple, A=A), mais, dans la réalité, l’identité renvoie à une similitude relative (telle chose A est, sous certains points de vue, identique à la chose B) ou à une permanence relative (la chose A reste identique à elle-même un certain temps).
L’identité ne peut être séparée du changement, car peu de choses sont immuables. Autrement dit, le concept d'identité cherche à cerner l’unité, la singularité et la permanence d’une entité réelle, bien que des changements l’affectent. Cela pose immédiatement une série de problèmes, à savoir, comment l’identité se constitue, se maintient, évolue.
La biologie applique le concept d'identité à des êtres vivants de taille et de complexité variables (cellule, organe, individu, espèce). Elle cherche à cerner ce qui fait qu'une entité vivante reste la même au cours du temps, alors que ses constituants se renouvellent sans cesse. Il s'agit de trouver des marqueurs de permanence pour les suivre au cours du temps et éventuellement noter leur transmission.
Identifier un élément vivant particulier implique de le distinguer des autres. L'identité impose une différenciation qui permette de repérer des entités se distinguant les unes des autres. En poursuivant la recherche vers des distinctions de plus en plus fines, on aboutit à une différenciation qui distingue complètement une entité d'une autre, lui donne une individualité.
Identité et différence cernées par des traits empiriquement identifiables renvoie à l'idée de caractère ou de caractéristiques qui permettent de définir une spécificité de genre, ou d'espèce. Ainsi, les cellules nerveuses se distinguent par des traits caractéristiques des cellules musculaires, mais elles ont en commun d’être des cellules. La notion d'identité en biologie tient compte à la fois qu'une entité vivante est singulière et qu'elle partage des caractéristiques communes avec d'autres.
Pour l'identité humaine, l'affaire se complexifie. L'unité et la permanence ne concernent pas seulement la biologie humaine, mais aussi les aspects cognitifs, psychiques et socioculturels des individus.
Sur le plan psychique, l’identité peut être expliquée par la fonction de synthèse qui rassemble et unifie activement les identifications successives, les variations évolutives et les tendances contradictoires. La société donne à chacun une place, un nom, un rôle, elle assigne des règles de conduite, qui, assimilés individuellement via le psychisme et contrôlés collectivement, contribuent à l’identité humaine.
L’ensemble peut être mis en défaut, ce qui produit des vécus de flottement, de dédoublement, de perte d’identité ou des réactions défensives d’affirmation identitaire. L’identité est aussi un outil politique visant à identifier et à repérer chaque personne pour la contraindre et lui imputer une responsabilité. L’identité renvoie aux concepts de personnalité et de caractère.