Le terme de méthode appliqué à la science a deux acceptions. L'une très générale, par laquelle il désigne l'ensemble des procédés qui organisent la science : les grands principes, les formes théoriques (les manières de connaître, les façons de théoriser) et la pratique. L'autre acception, plus restreinte, concerne uniquement ce dernier aspect pratique. La méthode, en ce sens, c'est ce qui encadre l'expérience et la rend scientifique. La méthode guide les manières de procéder et l'usage des techniques. Le terme est intéressant, car il indique une procédure à suivre, une manière de faire.
La pratique scientifique ou méthode au sens restreint ou encore pragmatique scientifique est l’ensemble des procédés, y compris techniques, destinés à mettre en rapport la théorie et les faits. La pratique produit des faits présentant des caractéristiques qui les rendent dignes de foi. Ces faits doivent être assurés, descriptibles et répétables (fiables), et ils doivent avoir un lien direct et démontré avec la théorie. Ils doivent être évaluables qualitativement ou mieux quantitativement (mesurables).
L'expérience, pour être scientifique, doit être explicitée sans ambiguïté, ce qui la rend reproductible (sauf exception). C'est le but de la méthode. Les résultats sont par conséquent transmissibles et constatables par toute la communauté scientifique. Ceci implique un ensemble de moyens et des procédures mis en œuvre de façon précise (méthodique).
La finalité du procédé est de diriger l’expérience de façon à organiser une confrontation efficace et précise au réel. C’est le cœur de la scientificité que d’accepter cette confrontation. Elle viendra infirmer (réfuter) ou confirmer les théories. L’expérience spontanée y est inapte, car trop incertaine. Elle peut, en effet être illusoire, car le manque de savoir-faire, les déformations subjectives conduisent à construire une réalité arrangée ou insuffisante. La pragmatique scientifique est faite pour éviter ces erreurs et surseoir aux insuffisances de l’expérience ordinaire.
Au total, la pratique scientifique est une mise en œuvre réglée par une méthode. La pragmatique s’organise selon deux grands types de méthodes communément admis qui sont l’observation et l’expérimentation. En médecine, on utilise la clinique qui est une observation active, non expérimentale, mais encadrée par des procédures. La méthode est le moyen que se donne la science pour réussir dans son ambition de connaissance effective du réel. La méthode est l'un des piliers de la démarche scientifique.